新生儿消化不良的原因可能有以下几个方面：一是消化系统发育不完善，消化液分泌不足，消化酶的种类和数量不足，成熟的肠道菌群尚未建立，消化功能较弱，二是喂养不当，给宝宝吃得过多或者给宝宝吃了不合适的辅食，三是天气变化，宝宝受凉了，四是滥用抗生素，五是胃炎等胃肠道疾病导致。除了喂养不当的原因外，其他原因都建议爸爸妈妈带宝宝去医院检查治疗。