• 百日咳脑病
病情严重，多发生在痉咳后期，是因脑组织缺氧、缺血、出血或颅内高压等造成;表现为反复抽搐、意识障碍、甚至昏迷，可伴有脑膜刺激征或病理反射阳性等体征。
• 肺部并发症
百日咳常继发其他细菌或病毒感染引起肺炎，百日咳杆菌也可导致肺炎，如有持续高热、呼吸急促、两肺可闻及中细湿学音时，即可肯定诊断。粘稠的呼吸道分泌物可引起肺气肿或肺不张。剧烈咳嗽有时可造成肺泡破裂引起气胸、纵隔气肿或皮下气肿。
• 消化系统并发症
主要是由于百日咳患儿的呕吐及厌食导致的，如营养不良、疝气、脱肛等等。在患儿剧烈咳嗽时，舌系带与下切齿磨擦而致舌系带溃疡，由于剧咳时腹腔压力增高，可致脐疝、腹股沟疝、直肠脱垂等。
• 消化系统并发症
由于百日咳常伴呕吐及厌食，可导致营养不良。剧咳时，腹压增高可引起疝气和脱肛。
• 其他
有严重的心血管系统障碍的新生儿可引起心脏扩大、甚至心力衰竭。此外，还可使原有的结核病灶恶化甚至引起血行播散。
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