1、遗传因素：大约有20%左右唇腭裂患儿有家族病史，即患儿直系或旁系亲属中有类似畸形发生。
2、病毒感染：怀孕初期(2个月左右)的母亲感染过病毒，如流感、风疹或受过某种损伤可能成为唇腭裂的致病原因。
3、疾病影响：母体怀孕期间患有如贫血、糖尿病、严重营养障碍等慢性疾病。
4、药物作用：怀孕期间服用过某些药物，如抗癫痫药、类胆固醇、抗过敏、抗癌药物等。
5、内分泌异常：母体精神性或损伤性的因素导致内分泌异常，如孕期遭到强烈的精神刺激，身体外部遭损伤等。
6、营养因素：早孕期的呕吐、厌食、偏食等导致维生素D、叶酸、铁、钙等的缺乏。
7、其他因素：如怀孕期间母体接受过大剂量X线照射，或者孕期抽烟酗酒、突然缺氧窒息等。
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