服用益生菌1—4周：竞争期

当患上急性胃肠炎、阴道炎时，医生往往会搭配益生菌进行辅助治疗，这类益生菌一般是国药准字号的，有的具有特定性，菌落数量较大，使用后见效会比较快，一般一周到半个月可以见到效果。但是长期的胃肠疾病(反复腹泻、长期便秘)、免疫力低等亚健康人群，调理起来需要一个过程。益生菌在体内一般会经过这些历程才能发挥其作用，维护人体的健康。

在开始服用益生菌的1-4周内，益生菌会和肠道内已经存在的有害菌及中性菌展开竞争，包括竞争营养、竞争生存空间、竞争能在肠道壁上附着的位置。这也是细菌们在肠道里战争的惨烈阶段，赫氏消亡反应也会发生在这一阶段。有害菌死亡时会释放大量毒素和其它代谢产物，抑制益生菌生长及对人体造成不适，益生菌也会释放大量细菌素(bacteriocin)和各种有机酸来消灭有害菌。双方的死亡量都较大。