1. 内分泌失调其中最常见的是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。

2. 免疫因素

妊娠宫内的胚胎或胎儿实属同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体和母体不可能完全相同。母一胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。

3. 生殖道感染

除以上各种因素外，妊娠早期严重的TDRCH感染可引起胚胎死亡或流产，较轻感染亦可引起胚胎畸形。支原体感染与胚胎停止发育有关。

4. 子宫异常

常见的有(1)先天性苗勒氏管的异常包括单角子宫、双子宫及双角子宫致宫腔狭小，血供受到限制。子宫动脉发育异常可导致蜕膜化不同步和种植异常。(2)宫腔粘连，主要由宫腔创伤、感染或胎盘组织残留后引起宫腔粘连及纤维化。阻碍了正常蜕膜化和胎盘种植。(3)子宫肌瘤及子宫内膜异位症

引起血供减少导致缺血和静脉扩张，蜕膜化不同步，种植异常以及肌瘤造成的激素改变也会引起妊娠的失败。

5. 染色体异常

染色体异常多导致胚胎不发育而致早期流产。

6. 环境因素

许多药物和环境因素是引起早期胚胎死亡或胎儿畸形的重要因素。如X射线、微波、噪音、超声、高温等物理因素，以及重金属等。