肠绞痛发生的原因目前仍不是很清楚，可能因素包括下列几大类：肠胃不适（肠胀气、肠痉挛、牛奶蛋白过敏、乳糖不耐及吞咽过多空气等）、情绪问题及神经发育未成熟等。一般咸认为婴儿四个月大以前，肠道神经发育尚未成熟，所以肠蠕动容易异常的过快或过慢，因而导致肠绞痛。