婴儿均衡的肠道菌群建立取决于出生后的喂养方式，这对健康有长期的影响。为弥补配方奶粉的上述不足，圣元在其中添加足够数量的益生菌。足够数量的活性益生菌在肠道内定殖，可帮助初生婴儿迅速建立正常的肠道菌群，抑制有害菌的繁殖，使其肠道菌群接近母乳喂养的婴儿。与以前单纯在配方奶粉中添加营养素不同的是，益生菌是一类活的微生物，为配方奶粉中赋予有生命的益生菌，这是圣元婴幼儿配方奶粉的点睛之笔。