合生元益生菌是没有副作用的。首先它选用的菌种是我们自己体内本身就具有的而且也是数量最多益生菌菌种，并不是外面强添进去的，非常安全。同时，菌株也经过了几百年的应用历史，也没有发现副作用。合生元益生菌产品属于保健品和食品，不是药品，所以可以长期吃。由于日常生活中很多因素（比如天气、药物、环境、饮食等等）会破坏到我们正常菌群平衡，所以应该及时补充益生菌。