合生元益生菌是保健食品级别的益生菌，妈咪爱则是药用型益生菌。合生元采用的是法国进口菌粉，菌种用的是人体本来就有的乳酸杆菌和双歧杆菌，适合长期为身体补充益生菌的孩子；妈咪爱主要是用来治疗急性的，突发性的，比较严重的肠道疾病，不适合孩子长期吃。