合生元益生菌是保健食品级别的益生菌，妈咪爱则是药用型益生菌。合生元益生菌采用的是法国进口菌粉，益生菌的菌种用的是人体本来就有的乳酸杆菌和双歧杆菌，跟人体的亲和性比较好，适合需要长期为身体补充益生菌的孩子；妈咪爱主要是用来治疗急性的，突发性的，比较严重的肠道疾病，属于药用型益生菌，孩子肠道不适症状缓解之后就要停止服用，不适合孩子长期吃。