益生菌的副作用仅发生于有严重免疫缺陷和对益生菌过敏的特殊人群。有严重免疫缺陷的人服用益生菌后有一定低几率产生由于益生菌而引起的感染，而过敏限于一些特殊的益生菌，如布拉酵母菌为主的酵母类益生菌，乳酸菌并未发现存在过敏现象。这些大量的科学临床试验表明，除了以上这两类特殊人群，益生菌对人类健康利大于弊。