合生元益生菌通过增加两歧双歧杆菌、两歧婴儿双歧杆菌和瑞士乳杆菌等肠道有益菌的数量，挤占肠道有用空间，让侵入人体的致病菌无处可依，慢慢饿死，因而能够有效缓解病毒感染引发的腹泻，促进康复。合生元益生菌还能够促进sIgA分泌。sIgA通过与相应病原微生物或致敏原结合，阻止病原体或致敏原粘附到细胞的表面，清除肠道致病微生物。除此之外，合生元益生菌还可以降低肠道pH值，形成局部酸性环境，从而抑制有害菌的生长和繁殖，到达增强宝宝抵抗力的目的。此外，合生元益生菌还能促进乳糖酶分泌，缓解乳糖不耐受宝宝因乳糖不消化带来的腹泻症状。