二者之间的区别是很大的。牛奶蛋白过敏源于免疫系统，是免疫系统把牛奶中的大蛋白分子当做入侵者，产生了排斥反应；乳糖不耐受源于消化系统，是小肠中无法分泌正常含量的乳糖酶，使牛奶中的乳糖不能被分解，加重了肠道负担。一般情况下，婴幼儿由于免疫系统发育不完全，牛奶蛋白过敏的发生率要远高于成年人。家长应该针对不同病因选择正确的特殊配方粉先来说说牛奶蛋白过敏，每100ml的牛奶中大约含有3g的蛋白质，1岁以内婴幼儿牛奶蛋白过敏的发生率为2-3%，常见过敏反应如腹泻、湿疹、呕吐和哮喘等。如果不及时防治，随着宝宝的年龄增长，身体的各系统会出现不同的过敏症状，引起其它过敏性疾病如哮喘、过敏性鼻炎等等。中华医学会儿科学分会免疫学组建议，对于混合喂养或人工喂养的、有家族过敏史的婴幼儿，应尽早使用部分水解蛋白配方奶，并持续喂养整个婴儿期，以降低过敏风险。